类风湿性关节炎的病理主要有滑膜衬里细胞增生、间质大量炎性细胞浸润，以及微血管的新生、血管翳的形成及半月板、软骨和骨组织的破坏等。
滑膜在类风湿关节炎疾病过程中起关键作用。滑膜是关节内最先受侵犯的组织,病变最初局限在关节滑膜区域,其他损害均继发于滑膜病变。关节滑膜内类风湿因子RF-IgG复合物可以固定及激活补体，产生C3a和C5a，吸引中性粒细胞和单核细胞渗出。中性粒细胞、单核细胞及滑膜细胞(A型细胞)吞噬了上述免疫复合物后，被激活并合成和释放溶酶体酶，包括中性蛋白酶、胶原酶等以及各种介质，如前列腺素、白三烯、IL-1等，导致滑膜及关节软骨的破坏。IL-1可使滑膜细胞和软骨细胞合成和释放胶原酶和其他蛋白溶解酶，并抑制软骨细胞合成蛋白多糖，本身又是一种破骨细胞激活因子。即使在始动因子(如感染因子)已不复存在的情况下，RF仍不断产生，结果导致滑膜炎症病变反复发作，成为慢性滑膜炎症。
异常增生的滑膜组织及其病变滑膜释放溶酶体酶，包括中性蛋白酶、胶原酶等以及各种介质，如前列腺素、白三烯、IL-1等，侵蚀周围肌腱、韧带、软骨及骨,造成关节进行性破坏畸形,最终出现不同程度的功能障碍。